第三章论述“历史学的系统”。在这个问题上，尤其值得注意两点。第一，李大钊把历史学划分为“广义的历史学”与“最广义的历史学”两个系统，而后者则包含前者。第二，作者始终重视历史学的记述部分与理论部分的区别，如“广义的历史学”包含“记述的历史”与“历史理论”（亦称“狭义的历史学”）两个子系统；又如“最广义的历史学”包含“普通历史学”（即“广义的历史学”）、“特殊历史学”“历史哲学”三个子系统，其中“特殊历史学”则又包含“记述之部”与“理论之部”两个子系统，足见作者对理论部分的重视。从学科发展史来看，李大钊所构建的“历史学的系统”，以恢宏的视野来观察历史学的内涵与外延，是一个创举。
第四章论述“史学在科学中的位置”。这里所论述的，是关于史学在科学史上之地位的问题。作者以欧洲为例，指出在中世纪以前，史学“几乎全受神学的支配”；到了十六七世纪，随着文艺复兴的发展，近代科学的产生；其后又经许多人先后努力，“已于历史发见一定的法则，遂把史学提到与自然科学同等的地位，历史学遂得在科学系统中占有相当的位置”[23]。这就是说，只是当人们从历史中发现了“一定的法则”时，历史学在科学史上或者说在科学系统中才占有自己的位置。作者对马克思的有关理论做了如下的概括：“马克思一派，则以物质的生产关系为社会构造的基础，决定一切社会构造的上层。故社会的生产方法一有变动，则那个社会的政治、法律、伦理、学艺等等，悉随之变动，以求适应于此新经变动的经济生活。故法律、伦理等不能决定经济，而经济能决定法律、伦理等。这就是马克思等找出来的历史的根本理法。”[24]作者认为历史学之所以能够成为科学，其主要根据即在于此。