在中央加强集权的同时，国民党各地方党部也加强了集权。决议规定“地方党部于设置委员会外，在省应采取主任委员制，在县采取书记长制，在区以下采取书记制，以补救通常委员制之缺点”，并规定“主任委员对于会议之决议，有最后决定权”，“县党部会议，以书记长为主席，对会议之决议有最后决定权。”
检讨以前的党政关系，临全大会认为，自国民党执政之后，“党政似成为两个重心”，尤其是在地方，“此两个重心始终处于似并立而非并立之地位”，地方政府的工作与党部的工作，往往有未尽协调之处。因此，大会确定了今后党政关系调整的原则：中央采取以党统政的形态，省及特别市采取党政联系的形态，县市采取党政融化的形态。
1939年1月，国民党五届五中全会又决定设立国防最高委员会以取代国防最高会议，“统一党政军之指挥，并代行中央政治委员会之职权。中央执行委员会所属之各部会及国民政府五院、军事委员会及其所属之各部会，兼受国防最高委员会之指挥”。国防最高委员会的委员长由国民党总裁担任，国防最高委员会的委员长被赋予极大权力，“对于党政军一切事务，得不依平时程序，以命令为便宜措施。”与前设国防最高会议比较起来，这一改组不只是名义上的变动，它在体制上也拥有了更重大的权力。国防会议究其根本，仍是一国防最高决定机关，它是在国防的名义下获得了指挥各方的权力，其主席由军事委员会委员长担任，所以，它在理论上仍须对国民党中政会负责。但改组为国防最高委员会后，它不只是国防最高决定机关，而且是明确规定的战时统一党政军指挥的机关，中政会的职权已由它代为行使，其主席是由国民党总裁，而不是由军事委员会委员长担任（尽管在实际上是同一人）。因此，国防最高委员会在体制上可以名正言顺地决定一切重大问题，为全国党政军最高决策机关。